Esta iglesia sucede a la pequeña ermita de San Juan Bautista, construida entre los años 1599 y 1608 por el Almojarife Juan de Texera, quien la cede a la congregación franciscana.La Iglesia de San Francisco, declarada monumento de interés histórico artístico, presenta una planta bastante original ya que contiene nave y media, correspondiendo la media a la antigua ermita, por lo que es la parte más antigua del convento. Se divide interiormente en varias capillas con sus respectivos retablos y con una cubierta a base de artesonados de madera de par y nudillo para la nave principal, mientras que el resto de las capillas, al ser independientes, tiene cada una su correspondiente retablo y artesonado. La separación de las naves es a base de arquería de medio punto, salvo en la parte más antigua donde los arcos de medio punto están rebajados.
En el interior de la iglesia existen numerosas esculturas y retablos de interés destacando entre las imágenes, las del Cristo de la Misericordia, Señor de la Humildad y Paciencia, San Francisco de Asís, San Juan Bautista y Santo Domingo, todas ellas del siglo XVII, así como un crucificado de estilo gótico. Entre los retablos merecen especial atención los de la familia Nieves Ravelo y los del Cristo de la Humildad y Paciencia y la Inmaculada, todos ellos del siglo XVIII. Dirección: San Juan, nº 7. Declarada Bien de Interés Cultural (B.I.C.)
